桓玄字敬道，又名灵宝，是大司马桓温的庶子。他的母亲马氏曾经与同辈人夜坐，在月光下看见一颗流星坠落进铜盆的水中，突然又像二寸大小的火珠，晶莹明亮，于是便争着上前去用瓢舀起，马氏捞着了并吞进肚中，像是有感应，不久便怀孕了。等到生产桓玄时，室中有光芒照射，占卜的人认为他是奇人，所以便取名叫灵宝。他的奶妈每次把他抱到桓温面前，常常要替换相抱才能到达。奶妈说他的重量有一般儿童的两倍。桓温非常器重他、爱护他。临终时，任命他为继承人，袭领南郡公的爵位。
桓玄七岁时，服桓温丧已终，府中文武臣僚向他叔父告辞，叔父桓冲抚摸着桓玄的头说：“都是你家从前的长吏。”桓玄因此泪流满面，大家见了很惊奇。等他长大成人，形貌瑰奇，风神疏朗，博通各种技艺，善于作文。经常自负其才，以英雄豪杰自居。众人都敬畏他，朝廷也因为疑忌而没用他。二十三岁时，才拜为太子洗马，当时朝中有人议论桓温曾有叛逆之心，因此朝廷又贬抑桓玄兄弟只做一般的官。
太元末年(396)，桓玄出京都补任义兴太守的空缺，心中颇郁郁不得志。曾经登高遥望震泽，叹息说：“父作九州伯，儿做五湖长。”于是便弃官回到封国。他以为自己是元勋门第，不应该在世间受到诽谤，于是便上疏说：
“我听说周公是大圣，可是天下到处都有关于他的流言。乐毅辅佐燕国有功，却被骑劫诋毁，因此，《诗·小雅·巷伯》中才有‘取彼谮人，投畀豺虎’的慨叹，苏公也才会感叹飘风之刺。厌恶刚烈，丑化正直，哪一代没有这类人呢？先父蒙受主上的殊恩，并和皇室联姻，常念以身报国，寻找机会捐躯赴难。西方平定巴蜀，北边肃清伊洛，使窃号伪称的逆臣被捕而献于北阙，并使皇帝园陵得以修复，以雪国家大耻，饮马灞氵产之滨，在赵魏之地插上朝廷的旗帜，保国勤王，屡建功勋。太和末年(370)，皇权有被篡转移的危难，这才顺天应人，暂时主持朝政，是非已经弄清，凶贼全部铲除。假使没有这个功绩，铲除顽凶之事不成，那么，今天的宗庙社稷又从何谈起呢？从前，商朝太甲虽然迷惑，但伊尹辅政，使商朝基业得以保存；昌邑王刘贺虽然淫乱，可并未危及汉室的稳固。就此而论，晋室的危机比商、汉更严重，而先父的功绩远远超过伊尹、霍光。可是，先父以往负国家重任而在清平之世蒙受诽谤。听说圣世明君奖惩分明，升降有道，却没有听说过圣世明君会忽视赫赫大功，甚至伤害安眠于九泉之下的功臣亡灵，而给诽谤之人开道，让奸邪小人得意一时。先父勤王护国的艰劳，匡复攻战的功勋，朝廷如果真的遗忘了，我也不会计较什么。只是请主上略微想想，先帝登至尊之位，陛下又在南面继位，此局面是从何而来，又是谁的功德？我桓姓一门岂只使晋室永安、永久享国？对朝廷和陛下一家来说，实在是立有奇功。
“近来权门势力日增，弊政越来越多。都宣称符合上面的旨意，互相煽动纠合，以为我和我的兄弟都是晋朝的罪人，这样，我们还有什么理由可以苟活在世上呢？又有什么脸面可以尸位素餐、白白地享用俸禄呢？若陛下忘记我们先人的大造之功，相信小人的无端邪说，我们就只有奉还各项封赐，受戮市朝，然后追随先父于黄泉，到玄宫归附先帝这一条路可走了。若陛下还遵守先帝的遗旨，追念先父的旧勋，那么，我们就恳请圣上对我们兄弟稍加垂怜关护。”
奏疏呈报上去，一直没有批复。
桓玄在荆楚多年，优游无事，荆州刺史殷仲堪很敬畏他。等中书令王国宝掌权时，谋求削弱地方政权势力，使得朝廷内外骚动，桓玄知道王恭有忧国之心，私下里便也有意于建立功业，便劝说殷仲堪说：“王国宝与各位素来是对头，他所担心的恐怕只是不能快速加害各位。如今，他大权在握，同王绪互为表里，他所要升迁撤换何人，没有不如愿的。王恭处于国舅的地位，正为朝野所器重，王国宝必定不便先动他，最可能的就是拿您开刀。你是先帝所提拔的，超拔为一方之长，在世人的心目中，总以为不甚妥当，都说您虽有思想智慧，但不是镇守一方的合适人选。如果朝廷发诏书征召您作中书令，而派殷岂页做荆州刺史，您又将怎么办呢？”殷仲堪说：“我已忧虑很久了，您说对此该如何对待？”桓玄说：“王国宝奸诈凶顽，天下共知。王恭痛恨厌恶他的感情日日累积，步步加深，根据今天的情势推论，可能已超过任何人。您若秘密派遣一人，写信去劝说联合王恭，让他调动晋阳大军，来匡扶朝廷，而您则亲自率领荆州军队顺流而下，推举王恭为盟主，我们大家也都将奋发而起，没有人不响应的。这事如果成功，便如同当初齐桓公、晋文公开创的功业一样伟大。”殷仲堪犹豫不决。不久，王恭的信便到了，招会殷仲堪和桓玄一同匡扶朝廷。王国宝死后，讨伐之兵也就罢了。桓玄请求作广州刺史，会稽王司马道子也害怕他，不想让他留在荆楚，所以顺合了他的心愿。
隆安初年(397)，朝廷下诏任命桓玄督辖广、交二州，并任建威将军、平越中郎将、广州刺史、假节，桓玄受命之后未动身前往。当年，王恭又与庾楷起兵讨伐江州刺史王愉和谯王司马尚之兄弟
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