保教权因此明显削弱。及至20世纪初年，随着法国与梵蒂冈的绝交，其保教权也就彻底终止。不过，清季的大多时间里，在华天主教势力仍以法国为首。
从清季天主教势力的发展规模看，其教徒数目一直领先于新教，19世纪60年代初已达40万人，该世纪末增至约70万人，及至清朝灭亡前夕的宣统二年（1910年），多达130万人。外籍教士数目，19世纪末和宣统二年时分别约有800人和1400人，不及新教在华教士多。从教士、教徒所属修会看，以遣使会、耶稣会、方济各会势力最大。
如果从马礼逊入华算起，在耶氏三宗里新教到来最晚。并且，马礼逊辈在鸦片战争前的一段时间里，也还不能公开身分，只能秘密地进行活动，传教成效有限。
鸦片战争以后，新教在华的布道工作才得以大规模进行，诸多差会和大大小小的派系争先恐后派遣教士来华。19世纪60年代初在华新教教士约有百人，该世纪末增至1500人，及至宣统二年多达5000余人，为当时在华天主教士的四倍。教徒人数，上述三个时期分别为2000人、8万人和17万人。从新教传教势力所属国籍看，以英、美两国为最强，而发展趋势美国尤为凌厉。与天主教方面相比，“新字辈”势力大有咄咄逼人、后来居上之势。
不管是有教皇为统一领袖、实行“总体集权教务制”的天主教方面，还是没有系统组织和统一领导机构、各差会派系各自为政的新教方面，其内部的争逐都是激烈的。两大教派之间也是如此。从根本上看，这种“教争”的背后主要还是“国争”。以“教”划线是表面的，以“国”定親疏才是内在的，教争不过是列强各国争夺侵华权益的一种形式而已。传教活动各异
如果从传教活动特点上比较天主教与新教，可以得到这样的印象：
天主教把不择手段地大量吸收教徒作为发展势力、扩大影响的主要途径。时人言其“所到之处，不择莠良，广收徒众，以多为能”，是符合实际的。它往往整家甚至整村地吸收入教，教徒之家繁衍的后代亦不断补充进来。再加以大量收揽或廉价购买穷人家的婴儿施洗，所以教徒数量远比新教为多。同时，天主教的组织管理系统比较严密，对教区有明确而严格的划分，其宗教实体的组织功能和政治功能与中国的行政管理冲突严重。这样，它不但与基层接触面广，惯于涉足民事，而且惯于干预清地方官府的政务，制造争端，所以，清季教案绝大多数是由天主教势力引起的。
新教发展教徒的选择性较强，一般只给合意的成年人施洗。其相当的注意力是放在借助文化事业“间接地”传播福音上，重视利用这种途径扩大影响，提高教徒素质。并且，它也不像天主教那样实行严格的区域管理。因此，它对基层民政事务的干预不像天主教那样严重，面目显得比较“文雅”、“温和”一些。故清季教案较少涉及新教，而在文化事业方面，新教的成绩远比天主教显著。调和与冲突
三宗齐聚引起的千变万化，最终体现在龙与上帝关系基本格局的变化上。固然，不论鸦片战争之前或之后，龙与上帝的关系都既有调和的一面，又有冲突的一面。但在鸦片战争以前的大多时间里，不论是调和还是冲突，内容主要限于文化范畴。鸦片战争以后，其间不论是调和还是冲突，政治因素都格外地突显，内容也变得更加复杂。
其调和，一方面突出表现在清朝统治者通过政治上的被迫妥协让步，给予教方分外的特权，缓和与教方的矛盾，维持一种苟和的局面；另一方面，则是文化上的融合。此时的文化融合，在同属两种文化的互相涵化这一点上，同鸦片战争以前并无二致，但有两点区别：
第一，在接触和涵化的内容上，鸦片战争以后较以前广阔。除了基督教神学本身外，其他非宗教内容，不再困于科学技术一个主要方面，而扩及教育、医疗、书刊出版等多项事业。并且，随着西方在这些方面的发展，其水平更高，内容更为深刻，对中国发生的影响也相对加强。
第二，这时传教士在中外文化交流当中已不再是唯一的或主要的媒介，中外接触和联系的管道已大大扩展。中国被纳入了资本主义的世界市场，被联进殖民主义体系的全球网络，不管情愿与否，不管是主动还是被动，中国和世界接触。联系的多方位格局是注定了的，而与教方的联系只不过是其中的一个方位。
其冲突，一方面突出表现在教方对在华政治特权的得寸进尺，对中国人民不断加重的压迫和剥削，引起中国的抵制和反对；另一方面，则是文化上的抵触。政治冲突呈一种时激时缓、大起大落的征象，处于较为表显的层次；文化冲突则呈一种持续而又相对平稳的状态，处于较为隐深的层次。这两者相互激蕩，形成一种合力，制约着冲突表现的复杂事局。教案与反洋教
从清季龙与上帝关系的情况看，“打”比“和”更具典型性。而“打”的状况，又主要从“教案”和“反洋教”这既相互联系又有所区别的两件事物中体现出来。
所谓教案，是指外国教会势力与中国人之间的冲突事件中，诉诸官方以司法和政治手段解决的案件。它是双方冲突集中而典型的体现，但并非冲突的唯一形式，更不能囊括其全部内容。可以想见，双方间的冲突是经常的、缓急轻重不一的，不可能都成讼，日常大量轻微、琐碎的事端已自然消解。只有事态激化才讼成案事。
教案在鸦片战争以前就发生过多次，且有规模颇巨者。但那个时候中国还是一个主权国家，不管案件的具体起因如何，是非曲直怎样，中国的当权者完全有条件和能力按照自己的意志处理案事。并且，从导致教案的实际根源上看，主要是文化冲突。
鸦片战争以后情况发生了根本性变化。一则，教案的发生虽仍有文化冲突的因素继续起作用，但已退居次要地位，而外国教会势力宗教外的侵略行为成为主要根源。再则，由于中国的主权遭到破坏，清朝官方已不能按照自己的意志、依照司法程序独立地审理案事，而要受外国的挟制，故不免成为不平等外交的产儿，殖民者强权政治的猎物。“每逢一宗教案起，丧权辱国输到底”，这便是清季教案的根本特征。教案的事局中，占主动、主导地位的是教方，此期的教案史，实质和主线上即外国教会势力的侵华史。
所谓反洋教，不仅仅指反对作为文化范畴事物的基督教本身，而且包括反对外国教会在华势力（机构及人员等实体）。清季的反洋教，包括了中国在文化上与教方的对抗和政治上反对其侵略两个方面。与鸦片战争以前的反洋教相比，显然突出了反侵略的时代内容，而在文化对抗方面，又有着继承和连续性。尽管这两个方面是相互作用、密切结合的，但必须在概念上将反对外国教会势力侵略和中国传统文化对基督教文化的抵制严格区别开来。
“世道如弃棋”，龙与上帝的关系史也如同奕棋，隂差阳错地走到清季的这般局势上，与昔日大大不同。不过，在教案和反洋教普遍发生之前，一个由中国人创造的太平上帝，唤起千军万马席卷了神州大地。
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