在四十岁以后，刘知几才任史官。《旧唐书》本传云：“知几（武后）长安中（公元701—704年），累迁左史，兼修国史。”以后，又“擢拜凤阁舍人，修史如故。（中宗）景龙初，再转太子中允，依旧修国史”。以后，刘知几的生活，就长期消磨在史馆中了。
刘知几既任史官，可谓学得其用。他常常想把他的历史学创见，应用于国史的编修；但是事实并不如他所想，因为当时的史馆组织，是“监修制度”。史官注记，必须仰承监修的意旨，没有撰著的自由。而当时的监修，大半为毫无知识的贵官，他们既不知明立科条，又喜遇事干涉，十羊九牧，无所适从。同时，当时同列的诸史官又皆流俗之辈，但却“人自以为荀、袁，家自称为政、骏。每欲记一事，载一言，皆阁笔相视，含毫不断。故首白可期，而汗青无日”。加之，权贵干涉，侦探密布，史官每有所记，“言未绝口，而朝野具知，笔未栖毫而搢绅咸诵。”实录，则取嫉权门；直书，则见仇贵族。在这样的情形之下，刘知几与诸监修及同事，当然“凿枘相违，龃龉难入，故其所载削，皆与俗浮沈。虽自谓依违苟从，然犹大为史官所嫉”。
但刘知几却素抱刊削史籍的宏愿。《自叙》中说：“其于史传也，尝欲自班、马已降，讫于姚（察）、李（德林）、令狐（德棻）、颜（师古）、孔（颖达）诸书，莫不因其旧义，普加厘革。但以无夫子之名，而辄行夫子之事，将恐致惊末俗，取咎时人，徒有其劳，而莫之见赏。所以每握管叹息，迟回者久之，非欲之而不能，实能之而不敢也。”即不得志于史馆，于是“载笔”余暇开始其有名的著作《史通》之写著。《自叙》中说：“嗟乎！虽任当其职而吾道不行；见用于时，而美志不遂。郁怏孤愤，无以寄怀，必寝而不言，嘿而无述，又恐没世之后，谁知予者。故退而私撰《史通》，以见其志。”由此看来，《史通》一书亦刘知几“道不行”、“志不遂”、“郁怏孤愤”之所为也。
为了写著《史通》，刘知几很想摆脱史馆的职务。恰好当景龙初，中宗西还，于是他便请求留在洛阳。他在洛阳住了两年，这时，全部精力，皆用于《史通》的写作。但是不久便有人说他身为官史而私自著述，所以景龙三年，中宗便驿召他到长安，升为秘书监，仍派他修撰国史。
当他再回史馆时，“侍中韦巨源、纪处讷、中书司杨再思、兵部尚书宗楚客、中书侍郎萧至忠并监修国史”。这些监修贵官，意见不一，当时“陈令公（再思）则云‘必须直词’，宗尚书（楚客）则云‘宜多隐恶’”。以是史官更难着笔。刘知几深感其弊而无可如何。适萧至忠责其“著述无课”，于是他就上书于萧，请辞史官之职。在辞职书上，列陈当时史馆之弊，并谓这些弊端如不革除或补救，则“虽威以次骨之刑，勖以县（悬）金之赏，终不可得也”。
辞职书并没有批准；但从此以后，愈为同列史官所嫉，不能有所作为。于是他索性将史馆的职务，委托于著作郎吴兢，而自己则别撰《刘氏家史》十五卷、《谱考》三卷，考其氏姓之所自出。
这时，刘知几的《史通》已经完成，声名扬溢，朝廷也要利用他做招牌，来装点史馆的门面。所以景云中（公元710—711年），便升他为太子左庶子，崇文馆学士，加银青光禄大夫。到玄宗开元初年（713年），再升左散骑常侍。而其职务，则始终是修撰国史。到开元九年（公元721年），他的长子贶，为太乐令，犯事流配。他为他的儿子向执政诉理，玄宗闻而震怒，贬为安州都督府别驾，而这位大史学家到安州不久就死了。
吾人读刘知几书，而知其兼才、学、识三者而并有之。惜乎！任道其职而道不行，见用于时而志不遂，郁怏孤愤，终至贬死。贤者委弃，千古同叹，又岂独刘知几为然耶？
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