六年（前一三五），辽东的高庙被火烧了，他推说灾异，以为当“视亲戚贵属在诸侯远正最甚者，忍而诛之”。他的意思指淮南王。主父偃取其书，奏上去。这时候，政府不敢得罪淮南王，故把董仲舒下吏，定为死罪。武帝特赦了他。他后来还做过胶西王相，病免家居，不治产业，以著书修学为事。朝廷有大事，时时差人到他家去请问他。他的死年不知在何年，苏舆假定为太初元年（前一四）。他的重要思想，散见于《汉书》之中（看严可均《全汉文》卷二三—二四）。他的《春秋繁露》，有近人苏舆的《春秋繁露义证》本最可用。康有为有《春秋董氏学》，也可参考。
董仲舒在他的对策第一篇里，提出“强勉”一个观念，他说：事在强勉而已矣。强勉学问，则闻见博而知益明。强勉行道，则德日起而大有功。此皆可使旋至而立有效者也。强勉即是努力有为。他又说：道者，所由适于治之路也。仁义礼乐，皆其具也。……夫人君莫不欲安存而恶危亡，然而政乱国危者众，所任者非其人，而所由者非其道，是以政日以仆灭也。……孔子曰：“人能弘道，非道弘人也。”故治乱废兴在于己。这正是荀卿以来的人事主义。荀卿教人不求知天，而董仲舒却要人明于天人相与的关系，这大概是由于个性的不同和时代环境的不同。他说：臣谨案《春秋》之文，求王道之端，得之于“正”。正次王，王次春。（此指《春秋》“春王正月”四字。）春者，天之所为也。正者，王之所为也。其意曰，上承天之所为，而下以正其所为，正王道之端云尔。这固是穿凿傅会，但也可表现他的主张。他在别处曾说，“王”字是“三画而连其中”，三画是天地与人；连其中是通其道：“唯人道为可以参天”（《繁露》第四十四）。这正是荀子“天有其时，地有其财，人有其治，夫是之谓能参”的意思。他在对策第三篇中说：天令之谓命，命非圣人不行。质朴之谓性，性非教化不成。人欲之谓情，情非度制不节。是故王者上谨于承天意，以顺命也。下务明教化民，以成性也。正法度之宜，别上下之序，以防欲也。命、性、情，都是自然的，贾谊所谓“天之所为也”。承天意、教化、度制，都是人为的，贾谊所谓“人之所设也”。命待圣人而后行，性待教化而后成，情待度制而后节，都是说人事重于天然。
在对策第二篇里，他很不客气的说：今陛下并有天下，海内莫不率服，……然而功不加于百姓者，殆王心未加焉。曾子曰：“尊其所闻，则高明矣。行其所知，则光大矣。”高明光大不在乎他，在乎加之意而已。这仍是强勉有为之意。他说：道之大原出于天。天不变，道亦不变。（《对策》三）道家学者都深信天道是自然演变的，故不主张“以人易天”。他们说：“胡为乎？胡不为乎？夫固将自化。”董仲舒不信天道的自然变化，只信人事有得失，故主张用人功来补偏救弊。他说：道者万世无弊，弊者道之失也。先王之道必有偏而不起之处，故政有眊而不行。举其偏以补其弊而已矣。三王之道所祖不同，非其相反，将以救溢扶衰，所遭之变然也。……故王者有改制之名，无变道之实。（《对策》三）董生所谓“道”本来只是“所由适于治之路”，本来只是人事，而非天道。人事有所不到，便有偏有弊，这都是“道之失”，即是人事之失。补弊举偏，救溢扶衰，拨乱反正，这是改制，是变法，不是变道。故他很沉痛的主张变法：今汉继秦之后，如朽木粪墙矣。虽欲善治之，无可奈何。法出而奸生，令下而诈起，如以汤止沸，抱薪救火，愈甚，无益也。窃譬之，琴瑟不调甚者，必解而更张之，乃可鼓也。为政而不行甚者，必变而更化之，乃可理也。当更张而不更张，虽有良工，不能善调也。当更化而不更化，虽有大贤，不能善治也。故汉得天下以来，常欲善治而至今不可善治者，失之于当更化而不更化也。古人有言曰，临渊羡鱼不如归而结网。今临政而愿治，七十余岁矣，不如退而更化。更化则可善治，善治则灾害日去，福禄日来。（《对策》一）这便是董生的有为主义。
贾生的有为主义得罪了当时的权臣贵人，终于迁谪而死。晁错的有为主义终于害他自己朝衣斩于东市。董仲舒的有为主义也使他下狱，定死罪，幸而不死，也落得废弃终身。他们都是有为论的牺牲者。然而董生自己不曾说吗？仁人者，正其谊不谋其利，明其道不计其功。（《汉书》五六。《繁露》三十二作“正其道不谋其利，修其理不急其功”。）他们的积极有为的精神，不但建立了汉帝国的一代规模，还影响了中国两千年的政治思想与制度。他们的牺牲是值得我们的同情的。
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