来俊臣、侯思止专理制狱，时人云："遇徐、杜者必生，遇来、侯者必死。"（《旧唐书》卷九○《杜景俭传》，第2911页）徐有功、杜景俭敢于抑制酷吏的暴行，一是有法律作依据，二是有女皇撑腰。
从天授二年（691）开始，女皇对待酷吏便从抑制到逐渐清除。正月，她诛杀丘神勣。光宅元年（684）三月，丘神勣在巴州（今属四川）迫令故太子李贤自杀；垂拱四年（688）八月，琅邪王李冲据博州（今山东聊城东北）起兵，丘神勣为清平道行军大总管，"至博州，官吏素服出迎，神勣尽杀之，凡破千馀家"。（《资治通鉴》卷二○四，垂拱四年条，第6450页）因此，他的被杀，是罪有应得。同月，有人告周兴与丘神勣通谋，武则天命酷吏来俊臣查办。来俊臣问周兴："囚多不承，当为何法？"周兴回答说："取大瓮，以炭四周炙之，命囚入中，何事不承！"于是来俊臣对周兴说："有内状推兄，请兄入此瓮！"周兴惶恐叩头伏罪。但武则天以他打击政敌有功，命将死罪改判流刑。二月，周兴被流放岭南，在途中被仇家杀死。（《资治通鉴》卷二○四，天授二年条，第6472页）接着，武则天又杀了酷吏索元礼。"[周]兴与索元礼、来俊臣竞为暴刻，兴、元礼所杀各数千人，俊臣所破千馀家。元礼残酷尤甚，太后亦杀之以慰人望。"同年九月，武则天又杀死酷吏中爬得地位最高的傅游艺。史载，"鸾台侍郎、同平章事傅游艺梦登湛露殿，以语所亲，所亲告之"。傅游艺由此被捕入狱，遂自杀。（《资治通鉴》卷二○四，天授二年条，第6474页）
女皇即位第二年便接连诛杀4个罪行昭著的酷吏，以平民愤，是完全必要的；同时她还认为自己的帝位还未完全巩固，留下来俊臣等个别酷吏，以威慑政敌，也是必需的。天授二年（691）以后，政局日趋稳定，缓刑除酷势在必行。长寿元年（692）八月，右补阙朱敬则上疏，认为"本任威刑以禁异议，今既革命，众心已定，宜省刑尚宽"，主张"顿奸险之锋芒，窒罗织之源"，武则天"善之"。侍御史周矩上疏说："周用仁而昌，秦用刑而亡。愿陛下缓刑用仁。"武则天"颇采其言，制狱稍衰"。（《资治通鉴》卷二○五，长寿元年条，第6485-6486页）而来俊臣不仅不思悔改，反而变本加厉。长寿二年（693）一月，他甚至迫害到武则天第四子、皇嗣李旦头上，幸亏太常工人安金藏自剖其胸，替李旦喊冤，李旦才幸免一死。神功元年（697）六月，来俊臣欲告武氏诸王及太平公主，又欲诬皇嗣李旦及庐陵王李显与南北衙共同谋反，期望由此掌握大权，被卫遂忠告发。诸武及太平公主恐惧，共同揭发来俊臣之罪，使其下狱，有司判处极刑，三日后女皇批准执行，标志酷吏政治的结束。其后，她多次下令平反酷吏制造的冤假错案，并认为自己有罪，于久视元年（700）七月七日派道士胡超至嵩山峻极峰投放除罪金简一枚，"乞三官九府（道家称天、地、水为三官，九府谓各方的神仙洞府），除武曌罪名"。（参阅董理《武则天除罪金简考释》，载《武则天与嵩山》，中华书局，2003年）所以，不能因为武则天曾经利用酷吏以打击政敌，就说武则天的统治残暴、黑暗。
狄仁杰仪凤元年（676）由地方官升任大理丞，首次入京师长安当官，"周岁断滞狱一万七千人，无冤诉者"。（《旧唐书》卷八九《狄仁杰传》，第2886页）同年九月，高宗擢拔他为侍御史。天授二年（691）九月，女皇擢拔洛州司马狄仁杰为地官侍郎、判尚书，同凤阁鸾台平章事，遂为宰相。十月，太学生王循之上表，请假还乡，女皇允许。狄仁杰说："臣闻君人者唯杀生之柄不假人，自馀皆归之有司。……彼学生求假，丞、簿事耳，若天子为之发敕，则天下之事几敕可尽乎！必欲不违其愿，请普为立制而已。"武则天称善。（《资治通鉴》卷二○四，天授二年条，第6476页）
长寿元年（692）一月，来俊臣诬陷同平章事（宰相）任知古、狄仁杰、裴行本、司礼卿崔宣礼、前文昌左丞卢献、御史中丞魏元忠、潞州（今山西长治）刺史李嗣真谋反。刚开始审讯，狄仁杰便承认："大周革命，万物惟新，唐室旧臣，甘从诛戮。反是实！"有司待报行刑，不再严加防备。仁杰乘机撕裂内衣，书写冤状置绵衣中，交付家人。仁杰子狄光远持书告变。武则天责问来俊臣，俊臣狡辩，并伪造仁杰等"谢死表"上奏。武则天问狄仁杰为何承认谋反，狄仁杰问答："不承，则已死于拷掠矣。"武则天又问："何为作谢死表？"回答："无之。"武则天"出表示之，乃知其诈"，于是免除这七人被诬陷"谋反"的灭族之罪。（《资治通鉴》卷二○五，长寿元年条，第6485-6486页）狄仁杰贬为彭泽令，武承嗣屡请诛杀，武则天不允许。万岁通天元年（696）十月，契丹攻陷冀州（今河北冀县），河北震动，武则天起用狄仁杰为魏州（今河北大名东北）刺史，转幽州（今北京西南）都督。神功元年（697），狄仁杰为鸾台侍郎，同凤阁鸾台平章事，加银青光禄大夫，兼纳言。他复相后，备受武则天器重，成为武周时期宰相的楷模。这说明武周时期的政治较为清明。
武则天崇佛、信道、尊儒，既有信仰的一面，亦有利用的一面。武则天尊儒，主要表现在她当女皇时期，以儒家学说治理天下，同时展现出以尊儒为主，兼容众家之长的政治风采。
"长寿二年，太后自制《臣轨》两篇，令贡举习业，停《老子》。"（《通典》卷一五《选举三》，第83页，中华书局，1984年）《臣轨》是以"朕"的口气，"朕"的威严，"朕"的语言，训诫文武百官要绝对忠于君主。武则天自从光宅元年（684）以皇太后的身份临朝称制开始，便自称"朕"，群臣称其为"陛下"，其独掌大权实同女皇；但若认为"临朝称制"与其后的"女皇"已无大的差别，那就错了。正因为二者还有很大差别，武则天为了登皇位，披皇袍，又苦苦奋斗了6年多。在这6年多内，许多大臣、包括宰相们，还是把她当成掌权的皇太后看待的。在此时，她要群臣绝对忠于君主，就会显得口气不硬、底气不足；再加上此时她又忙于平定叛乱、打击政敌，为登基做准备，因此也就不急于亦无时间制成《臣轨》。到长寿元年至二年（692-693），武则天帝位日趋巩固，迫切需要强调臣事君以忠，迫切需要适应群臣以尊儒为主的现状，便自制《臣轨》，成为大周皇朝的政治思想纲领。
武则天在《臣轨》自序中说："朕以庸味，忝位坤元。""坤元"是与"乾元"相对应的。《易经》说"大哉乾元"。唐高宗谥号天皇大帝，葬于乾陵；武则天所说"忝位坤元"，当指天后居女皇宝座。唐初筮者说："至哉坤元，万物资生，乃顺承天。……女处尊位，履中居顺也。"（《旧唐书》卷五一《文德皇后传》，第2164页）武则天在序文中强调，群臣必须事君以忠，而该书为"事上之轨模，作臣下之绳准"，并十分重视群臣在皇朝中的作用，"资栋梁而成大厦，凭舟楫而济巨川"，君臣应"唱和相依，同功共体"。（《全唐文》卷九七《臣轨序》，第440页）
《臣轨》共两卷，每卷五章。《同体章》强调君臣同体，"臣以君为心，君以臣为体，心安则体安，君泰则臣泰"。又说："夫人臣之君也，犹四支之载元首，耳目之为心使也。相须而后成体，相得而后成用。故臣之事君犹子之事父，父子虽至亲，犹未若君臣之同体也。"至忠章认为臣之事君，仅有一般忠诚是不够的，必须绝对忠于君主，即"险易不革其心，安危不变其志"。在《守道章》中，武则天要求文武群臣既要遵守中国传统之道，历代帝王之道，更要遵守经她变革之道、武周之道。这就是她所谓"夫道者，覆天载地，高不可际，深不可测"的真谛。守道的目的在于"至忠"。《公正章》要求群臣奉公，"当公法则不阿亲戚。奉公举贤，则不避仇雠"。武则天要求群臣做圣臣、贞臣、真臣，而不要做谀臣、谗臣、贼臣。《匡谏章》要求臣下敢于直言谏诤。"夫谏者，所以匡君于正也。""主暴不谏，非忠臣也；畏死不言，非勇士也。"《诚信章》强调"人无信不立。非诚信，无以取爱于其君；非诚信，无以取信于百姓。故君臣不信，则国政不安"。《慎密章》指出"修身正行，不可以不慎；谋虑机权，不可以不密。""大慎者闭心，次慎者闭口，下慎者闭门。"《廉洁章》则强调官吏必须恭廉守节、奉法利人，"理官莫如平，理财莫不廉"。《良将章》指出："夫将者，君之所恃也；兵者，将之所恃也。"并认为将有五才四义：五才是知不可乱，明不可蔽，信不可欺，廉不可货，直不可曲；四义是受命之日忘家，出门之日忘亲，张军鼓宿忘主，授枪会战忘身。还强调指出，骄兵必败。《利人章》强调发展农业，轻徭薄赋以利于百姓，"臣之与主，共养黎元，必当省徭轻赋，以广人财"。（所引《臣轨》原文，皆据罗元贞点校《武则天集》，山西人民出版社，1987年）这是君主治理国家的经济基础与社会基石，武则天亦十分重视。
《臣轨》征引儒家五经及《论语》、道家的《老子》、《庄子》、法家的《管子》、杂家的《吕氏春秋》、兵家的《孙子》等书20余种，形成以儒家思想为主，兼采道、法、兵、杂等诸家学说，以臣下要绝对忠于君主为中心的理论体系。（参阅卢华语《武则天〈臣轨〉剖析》，载《武则天与洛阳》，三秦出版社，1988年）本书要求臣下绝对忠于君主，就是要臣下绝对忠于武则天，这在武则天执政生涯中是一贯的，直到她晚年病重为止。武则天的政治实践与《臣轨》的理论是一致的。
乾封元年（666）春正月，高宗、武后曾举行过盛况空前的泰山封禅大典。时隔30年，万岁通天元年（696）腊月，女皇为何又要登嵩山封禅呢？主要是：
第一，完成唐高宗的遗愿。高宗登封泰山后，在武后的劝说下，想遍封五岳，首选是中岳嵩山，但由于病重等原因，未能实现愿望。因此，女皇要超越前代帝王，实现高宗登封嵩山的夙愿。
第二，彰显武周盛世伟业。历来帝王封禅，都正值盛世。此时武周皇朝如何？先从神都洛阳说起。唐代洛阳城，始建于隋大业元年（605），当时尚无外郭城。长寿二年（693），武则天令宰相李昭德增筑外郭城，"城内纵横各十街，凡坊一百十三，市三"（徐松《唐两京城坊考》卷五，第146页，中华书局，1985年。另据《唐会要》卷八六《城郭》，神都外郭城是长寿元年[692]九月开始修筑的），使神都更加宏伟、壮丽，成为武周时期名副其实的政治、经济、文化中心。再往远处看，长寿元年（692）九月，西州都督唐休璟给武则天上疏，请求收复安西四镇（龟兹、于阗、疏勒、碎叶）。武则天立即批准，擢拔王孝杰为元帅，率军于十月大破吐蕃，一举收复安西四镇。并在龟兹（今新疆库车）设置安西都护府，驻兵镇守。次年即擢拔王孝杰为宰相。武则天并非好战之人，对于附属国，只要入朝纳贡即可；对于外国，皆以平等友好的态度对待。如长寿二年（693）二月，新罗王金政明卒，武则天遣使立其子理洪为王。其后理洪死，又册封其弟崇基为王。（《唐会要》卷九五《新罗》，第2028页，上海古籍出版社，1991年）天授三年（692）三月，"五天竺国并遣使朝贡"（《旧唐书》卷六《则天皇后本纪》，第122页），则天女皇甚喜，慰而遣之。天册万岁元年（695）四月，巨大的天枢铸成，上刻百官及四夷尊名长，武则天自书其榜曰"大周万国颂德天枢"，标志武周皇朝进入最强盛的时期。
第三，宏扬崇佛信道尊儒的宗教文化政策。嵩山少林寺是佛教禅宗祖庭，中岳庙又是道教圣地。武则天在命群臣学习所撰《臣轨》，突出尊儒之后，并未放弃崇佛信道。同年九月她接受来自佛教信仰的尊号"金轮圣神皇帝"。长寿三年（694）五月，她又接受尊号"越古金轮皇帝"。天册万岁元年（695）九月，又加尊号"天册金轮大圣皇帝"。与此同时，证圣元年（695），她又号嵩山为神岳，尊嵩山神为天中山。就是在佛光仙影的笼罩下，则天女皇举行了登嵩山封禅的盛典。
万岁通天元年（695）腊月，甲戌（一日），73岁的女皇从神都洛阳出发。甲申（十一日，公历696年1月20日），在群臣及四夷酋长的簇拥下，至嵩山亲行封禅之礼。封神岳，于太室山之颠祭天，改元万岁登封，改嵩阳县为登封县（即今登封市）。丁亥（十四日），禅于少室之山麓祭地。己丑（十六
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