我们知道了书的真伪，但问题尚未完全解决；因为在真书上的史料，有些也是需要辨证的。例如在史籍上我们常常可以看到，同一史实，各书记载互异；同一原文，彼此引述不同；或采摭古书而不记出处，或商榷前世而全违故实。以致事实讹谬，文字错舛，真伪混淆，是非参差。若不加以辨证而随便引用，则不但异说纷纭，无所适从；必至纰缪相因，以讹传讹。所以在辨别书的真伪以后，我们又碰到第三个难题，就是史料的辨证问题。
帮助我们解决这一难题的是考据学。这种学问，很早就有人做，汉人的经注已开其端。自晋以后，辨证史籍的人一天天多起来。如裴骃注《史记》，颜师古注《前汉书》，李贤注《后汉书》，对于原书的文句音义多所解释。裴松之注《三国志》，对于原书的史实多所增补；如有异说，并录备参考。刘攽、吴仁杰的《两汉刊误》，对于原书上的文字错舛多所勘正；吴缜的《新唐书纠谬》，对于原书上史料的讹谬多所纠正。这些，都是考据学的先导。
到了清代，考据学就大大地发展了。在清代，学者因受政治的压迫，不能涉及与现实有关的学问，于是骋其聪明才力，埋头于故纸堆中，从事于与现实无关的考据之学。因而中国的古典文献，无论经书、子书或史书，大部分都经过了一番考证。对于各种史籍中的史实，凡有可疑的，无不探源索隐，钩沉辑逸，考异正讹，纠谬质疑，使其本源大白，讹误自明，异说并陈，是非自见。
清代辨证史料的著述甚多，其中有通辨诸史的，有专辨一史的。通辨诸史的书，最有名的，是钱大昕的《二十一史考异》，王鸣盛的《十七史商榷》，赵翼的《廿二史劄记》。钱书的特点，是对原书上文字的校正、名物的训释；考订史实，则其余事。王书的特点，是在考证原书上的典章制度以及史实的，使之关节疏通，脉络摇转；至于校释文句，则其余事。赵书的特点，则在提出原书中的重要问题，罗列史料而予以论列；若校勘史实的矛盾，则其余事。三书各致力于一个方面，若融合而贯通之，则对史料之辨证，可以获得多方面的知识。又武英殿版《二十四史》，每篇之后都附有考证，校文释义，考异致疑。此外，通辨诸史的书，尚有杭世骏的《经史质疑》，钱大昕的《诸史拾遗》，洪颐煊的《诸史考异》，洪亮吉的《四史发伏》，李贻德的《十七史考异》（未刊），宋书升的《二十四史正讹》（未见传本）等。
专辨一史的书，以辨“四史”者最多。以“四史”文体较古，窜乱亦多，特别是《史记》，自冯商、褚少孙以后，窜乱者十余家，若不加以辨证，则真伪相乱，无从辨识。在清代，考证《史记》的著作，有钱坫的《史记补注》，惜其书未刊；梁玉绳的《史记志疑》，杭世骏的《史记考证》，王念孙的《读书杂志》，邵泰衢的《史记疑问》。这些书，对于《史记》上的纰缪，纠正甚多。此外，尚有崔适的《史记探源》，则专辨后人窜乱的部分，欲使《史记》恢复司马迁的原书。
考证两《汉书》、《三国志》的著作，其数量亦不减于《史记》。其中考证《汉书》的，多侧重于文字的校正；考证《后汉书》的，多侧重于史实的纠谬。《后汉书》上的史实之所以有纠正的可能，是因为当时已经辑出了许多后汉史的佚书。至于考证《三国志》的著作，则其内容，皆系补佚考异。
自《晋书》以下的诸史，辨证的书虽不及“四史”之多，但诸史皆有考证之书。此外，尚有专辨某史某一部分的著作，如考证诸史中之书志，特别是地理志和艺文志。
从这里，我们可以看出，中国文献上的史料，在清代曾经经过一度精密的考证。清代的学者，或通考诸史，或专考一史，或仅考一史中的某一部分，皆能摭拾遗佚，博采群书，属辞比事，刊误释疑。他们辛勤的劳绩，自然是中国学术史上一笔很大的遗产。但是对于史料辨证，清代的学者，也还没有做完，而且也不见得做得尽对；因而还留下不少的问题，等待我们来解决。
以史料的范围而论，清代学者所考证的史料，只是中国史料中的一半，即文献上的史料；至于考古学上的史料，则做得非常不够。这固然是因为当时许多考古学的史料，如新、旧石器文化遗物、甲骨文及汉晋简牍等尚未发现，同时也是因为他们还不认识地下出土的史料之价值。因为在当时并不是完全没有考古学的资料，如殷周之彝鼎、两汉之石刻画像，早已呈现在当时学者之前，但均未被引用为考证古史的资料。
认识考古学上的史料，不是一件容易事情。因为考古学上的史料，和矿石一样，是混在岩石里面的，没有发达的选矿学的知识，即使摆在眼前，也是不能认识的。例如以殷周青铜器物而论，自汉至唐，即偶有发现，但当时之人，不以为史料，而以为神瑞。北宋以后，青铜器物出土更多，学者虽释文考字，但亦未以为史料，而以为玩赏。又如古代简牍，在两晋、南齐、北宋，都有发现；但当时学者不知这是一种珍贵史料，以致散失。今日所存之汲冢遗书，除《周书》或有一部分简牍遗文，其余《穆天子传》、《竹书纪年》，大半都是伪托之书。又如殷墟出土的甲骨文，当发现之初，有些头脑顽固的学者如章太炎，硬说是古董商人假造的。又如晚近以
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