在明朝，理学仍然是占支配地位的哲学。明朝初年，程朱学派盛极一时。程朱学派的理学得到明朝政府大力的提倡，在明成祖的主持下编纂有《性理大全》等书。著名的理学家薛瑄（1392—1446年）、吴与弼（1391—1469年）等人也都尊崇程朱。明朝中叶，思想领域发生重大变化，长期处于主导地位的程朱学派已趋保守，在学术上丧失了创新精神，一部分士人从对朱学的信仰开始转向对陆学的探求，于是心学兴起。代表人物是王守仁。
王守仁（1472—1528年），浙江余姚人。弘治进士，官至南京兵部尚书。学者称阳明先生。正德时，他看到社会动荡不安，为了整治人心，提出一套心学理论，世称王学、姚江之学。
王守仁在治学方面继承了南宋陆九渊的“心即理也”的学说，也受到佛教禅宗的影响，提出“心外无物”的命题。他认为理不是客观存在的东西，也不是圣人所能制定的，而是存在于每个人的心中，故说：“物理不外吾心，外吾心而求物理，非物理矣。” 王守仁把这种存在于每个人心中的理叫做“良知”，而主张人人“致良知”。所谓“致”，是因为良知会被人欲所遮掩，所以必下一番“致”的功夫去掉人欲，才能恢复良知的本性。因此“致良知”要求人们努力从事道德修养，随时用道德思想克服非道德思想。
王守仁“致良知”的思想是企图给理学找寻新的理论根据。但是王学在反对程朱学派的传统束缚和启发人大胆思想的一方面，却起了一些积极的作用。王学在明中叶以后对思想界有深远的影响，以王艮为代表的泰州学派和李贽不仅是程朱学派的反对派，而且对君主专制政体和封建礼教也给予尖锐的抨击。他们的思想当被当时的程朱宋学派的学人目为异端之尤。
王艮（1483—1541年），号心斋，泰州人，是王守仁的弟子，出身于小商人，中年后才发愤读书。他强调个人的重要性，反对和命运妥协，认为一个人应该有改变环境的“造命”思想。他在理论上的特色是把理学家们终日津津乐道的“圣人之学”与百姓吃饭穿衣等日常生活需求联系起来，认为能否解决“百姓日用”的需求是衡量“圣人之学”的标准。王艮经常在各地讲学论道，并把学问普遍传布给农民、手工业者和小商人。
李贽（1527—1602年），号卓吾，福建晋江人，曾任礼部司务和姚安知府等官，以后辞官不作，到各地讲学。李贽思想源于王学，又不同于王学的宗旨。李贽认为历史评价的标准应该是多元的，并且随着时间的推移而改变，不应该只以孔子的是非作标准。他主张历史评价中的是非“无定质”、“无定论”。“无定质，则此是彼非，并育而不相害；无定论，则是此非彼，亦并行而不相悖矣。” 这就是说，人们在历史认识上的“是”与“非”可以同时存在，不仅可以“并存”，而且可以并“并育”，从而推动认识的发展。李贽的进步思想还表现在对当代程朱学者的批判上。他把学者分为“学道”和“道学”两类，认为“学道，其实也”，“道学，其名也。故世之好名者必讲道学，以道学能起名也。无用者必讲道学，以道学之足以济用也。欺天罔人者必讲道学，以道学之足以售其欺罔之谋也” 。在这里，李贽对言行不一的假儒、假道学进行了淋漓尽致的揭露。他还公开宣称“自私”是人的天性，“趋利避害，人人同心”。他反对道学家“存天理，灭人欲”的说教，以为：“夫私者，人之心也，人必有私，而后其心乃见；若无私，则无心矣。” 这是一种利己主义的人性论，在当时具有启蒙意义。
李贽反传统的态度是坚决的。他晚年到通州讲学，引起社会很大震动，程朱学人甚至把他称为“敢倡乱道，惑世诬民”的“妖人” ，明政府终于逮捕了李贽，他在狱中割喉而死。李贽所著的《藏书》、《焚书》在清朝屡次下令烧毁，但仍然留传下来。
明末清初之际，社会动荡激烈，各种思想交汇碰撞，许多学者在接受明朝亡国惨烈的事实后，反思学术，他们反对空谈，倾向于经世致用之学，并具有反对专制统治和民族压迫的思想。当时著名的学者有王夫之、黄宗羲、顾炎武、方以智、唐甄、傅山、陈确、吕留良等人。
王夫之（1619—1692年），号姜斋，世称船山先生，湖南衡阳人。明亡举兵抗清，后隐居湘西，所著有《噩梦》、《黄书》等。王船山从张载的学说出发，比过去更加深入系统地论证了理与气的关系，明确提出“气者，理之依也”和“天下惟器”的主张。在认识论方面，他曾以浙江的山为例，认为人的认识是由对象客体引起的，而对象客体则不依靠主体而独立存在。不能因为一个人没有看见山就说没有山，山是客观存在着的。这是对王守仁“心即理也”看法有力的反击。王夫之更主张从进化发展的观点来看问题，自然和社会都是变化不息的，所以他也反对君主专制，要求改革政治，他在《噩梦》中还提出土地不是帝王的私产，而应当归耕者所有的主张 。
黄宗羲（1610—1695年），浙江余姚人，世称梨洲先生。他的父亲黄尊素被阉党所害，宗羲曾到北京伸冤报仇。清兵南下，他又组织义兵抗清，清政府屡次悬赏缉捕他，以后隐居著述。黄宗羲
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