当初租用“航海家尼可号”时，船东坚持必须留用原来船长；汤米答应了，却指派比尔·柏林汉（billbuningham）负责船只。柏林汉才33岁，却已当了12年的船长；他喜欢阅读，知识丰富，与部下同甘共苦，深得爱戴。汤米喜欢他，尤其喜欢他意志坚强、心胸开阔。“航海家尼可号”在茫茫夜色中，以10节的速度前进。凉风习习，吹来阵阵的海水咸味。船上灯火通明，大家忙着装设必须的机械和装备，扩音机播放着音乐，浪花的嘶声好像是伴奏。
第二天清晨，“航海家尼可号”进入墨西哥湾流的蓝色海域，天气清朗，微风徐徐。到了夜晚，船只朝着120海里外的测试地点鼓浪前进。次日接近正午时，测试举重机的伸展臂伸出过长，无法停止；绞车费了6个小时才卷起3000英尺的缆绳，比预计的时间多花了5个半小时。当晚8点，船只只好折回港口。
5月31日下午，船只二度开航，目的地仍然是同一测试地点。这次举重机和绞车运作正常，但缆绳的重量压坏了钢质卷鼓，使缆绳打结。绞车故障，无法控制缆绳，一切工作停止。船只二度返航。更换钢质卷鼓费用庞大，而且需时3至4个月。海克曼想出妙招，他用两个半圆形的钢制汽缸包在卷鼓的外面，然后焊接起来。只花了6月3日晚上和第二天的时间，就完成了修复工作。
这时，唯恐旁人利用“航海家尼可号”进坞检修的时间，进入他们的搜寻范围，汤米租了一架飞机，飞到沉船上空侦查。天黑之后飞机返回，没有发现任何迹象。
6月5日下午3点半，“航海家尼可号”三度出航，朝向第二个测试地点前进。自从10天前第一次开航起，汤米就一直翘首盼望，希望收到柏林汉的电话。他希望柏林汉会告诉他，船只正以1到2节的速度搜寻，而不是以10到15节的速度朝目的地前进。
甲板上堆满了各种器材和零件。穆尔和泰德起了个大早，在后甲板忙着装配。
为了就近监视“侧轮汽船”的位置，也因为声纳搜寻范围仍然涵盖了“侧轮汽船”，汤米命令“航海家尼可号”开到第二测试点。如此一来，他们可以一边装配、测试，一边就近监视。一旦有人侵入，也可以即时前往保护。
6月6日到10日，船只开往第三测试点，测试船只定位仪器、航海仪器和照相滑台。重复7次的测试，绞车和举重机一切正常。终于，他们移往几海里外的“侧轮汽船”位置进行搜索。
6月12日下午，“航海家尼可号”从第一搜索线放下载具，开动电脑定位系统开始搜寻。柏林汉依据史格特的指令，调整电脑定位系统，让船只以每小时半节的速度，缓缓前进。滑台在9000英尺深的海底悄悄滑行，声纳则在它的前方100英尺处，扫描海底情形。一个半钟头之后，到达搜索线尾端，没有任何发现。船只掉头，调整搜寻范围之后，再沿第二号搜索线前进。再过一个钟头，仍然一无所获。第三次的仔细搜寻，一样没有收获。傍晚时，穆尔把滑台拉高几百英尺，在同一区域交叉搜寻，电脑荧幕上照样没有目标的影像。他们只好扩大搜寻宽度。
近午夜时分，通讯室中的汤米和巴力接到史格特的报告，“声纳发现了东西。传上来的影像和‘中美洲’号非常相像。”大家兴奋万分，七嘴八舌，越说越像，几乎所有的细节都能吻合。海克曼甚至还说：“毫无疑问，这就是‘中美洲’号。下次扫描，一定可以看到船桅。”但汤米仍有怀疑，他认为桅杆竖得太直。
时间已过午夜，一切工作只好等待明天。13日凌晨2点45分，载具收上甲板，电瓶开始充电。130年来，“中美洲”号都没有移动，一个晚上也不至于跑掉。
这时，他们租用的补给船送来一些载具的零件和两位工作人员，同时接走海克曼。人手获得补充，汤米立即要求施放载具，以便照相机开始拍摄照片。但举重机出现故障，直到傍晚才修复。这时天气转坏，克拉夫特不肯施放载具，但汤米认为，这正是学习在恶劣天气进行工作的好机会。克拉夫特说：“汤米真是又愚蠢又顽固。我当面告诉过他好几次，天气不好，就该把载具放在甲板上，不要放到海底。”40年的海上工作经验，他一向尊重天气。他知道逆天而为，就必须付出代价。
经过激烈争论之后，克拉夫特终于在8点稍过时，放下载具。然而，天气逐渐转坏，气象预报也指出还会更坏，所以不到两个小时，汤米就要求收起载具。收回载具费时两小时，工作完成时，浪高10英尺，风速3o节。
接连三天的天气都不适合载具的海底作业；大家利用机会加强载具的各种装置，增加了可以同时操作电脑和录影机的功能。如此一来，他们可以先在电脑荧幕看到目标，然后接近到可以使用录影机观察的距离。
6月17日午前，天气已经适合工作。克拉夫特把载具安全垂到海底时，正好单引擎海上飞机“海蜂号”飞来，空投第一次的补给。补给船来工地一趟需要20小时，而飞机只要两个钟头，所以飞机成了船上工作人员跟外界的“联络实体”。
穆尔打开载具的工作系统时，两小时前测试还很正常的声纳竟然出现故障，只剩下录影机能够正常操作。在800o英尺的海底、能见度只有20英尺的环境中